Проблема с появлением порта 443 в url страниц сайтов на 1С Битрикс встречается достаточно часто. Но и решить ее можно легко и быстро. Главное знать что делать. И вот Вам сразу самая суть - открываем файл /bitrix/php_interface/dbconn.php и добавляем в него несколько строк кода в самый конец файла:
И все! ":443" сразу же уберется из ссылок, canonical и всех остальных мест. Проверено на нескольких десятках проектах и типовых конфигурациях серверов - работает как часы.